O fato de unattended-upgrades realizar ou não a limpeza (remoção automática) é controlado pela configuração Unattended-Upgrade::Remove-Unused-Dependencies em /etc/apt/apt.conf.d/50unattended-upgrades . Defina como segue para ativar a limpeza - e você deve conseguir remover o cron-job explícito autoremove:
Unattended-Upgrade::Remove-Unused-Dependencies "true";