Já experimentou ogmtools ?
De acordo com bunkus.org MkVToolNix é:
"MKVToolNix é um conjunto de ferramentas para criar, alterar e inspecionar arquivos Matroska no Linux, outros Unices e Windows. Eles fazem para a Matroska o que as OGMtools fazem para o formato OGM e depois algumas."
E bunkus.org para Ogmtools diz:
Essas ferramentas permitem informações sobre (ogminfo) ou extração de (ogmdemux) ou criação de fluxos de mídia OGG (ogmmerge). Note que vou usar o OGM para "fluxos de mídia OGG".
Uma ferramenta para o Omgtools é ogmmerge (mesclar fluxos multimídia em um OGG / OGM)
Se você quiser instalar o omgtools no ubuntu apenas digite:
sudo apt-get install ogmtools
Mais informações sobre o OGG em Wikipedia e xiph.org .
Espero que isso seja útil.
Atenciosamente