Mesmo com um SSD, ainda haverá alguma variação. Dependendo do resto do seu computador, da tecnologia das unidades flash, da velocidade dos controladores, etc., talvez você não veja nenhuma diferença, ou o oposto do que você poderia esperar.
No entanto, na maioria dos casos, as unidades flash USB 3.0 devem ser mais rápidas. Eu uso uma unidade flash USB de 128GB para praticamente todas as minhas instalações (acho que ainda tem o GNOME 15.10). Instalando em um disco rígido SATA III normal, a instalação leva cerca de 15 minutos. Pelo que me lembro de usar um stick USB 2.0 quando meu USB 3.0 não estava disponível, demorou um pouco mais para instalar, mas não muito.
Então, sim, o USB 3.0 é mais rápido, mas contanto que você tenha uma unidade flash USB 2.0 de alta qualidade e hardware interno rápido, a diferença será perceptível, mas não terrível. Contanto que você possa poupar uma unidade USB 3.0, use-a. Você obterá as velocidades mais rápidas com computadores que podem suportá-lo, e os computadores com USB 2.0 ainda serão instalados em velocidades de 2.0.
Se você quiser apenas usar o Live Environment, use o USB 3.0. Como não há afunilamento do disco rígido, o uso do LE com 3.0 será muito mais rápido do que o 2.0, já que os dados estão sendo lidos diretamente da unidade e não serão copiados para nenhum lugar, exceto a RAM.