Você pode tentar cmp . Ele irá comparar dois arquivos byte por byte.
Em man cmp :
cmp - compare two files byte by byte
Embora o número de linhas deva ser igual em dois arquivos. Observe também que cmp apontará apenas para a primeira diferença, para apontar para as próximas diferenças, é possível ignorar bytes específicos desde o início.
$ cat foo
this is
a test
$ cat bar
this
is a test
$ cmp foo bar
foo bar differ: byte 5, line 1
$ cmp -b foo bar
foo bar differ: byte 5, line 1 is 40 12 ^J
Para imprimir os diferentes valores de byte, use cmp -l , de man cmp :
-l, --verbose
output byte numbers and differing byte values