Os efeitos de transparência exigem que a composição da área de trabalho funcione. Instale o gerenciador de configurações compizconfig sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
e depois abra, vá em "Acessibilidade" e acho que "Opacidade" é a opção correta para habilitar isso, porém estou no trabalho e não consigo verificar isso no momento.