O Internet Explorer é muito dependente de um ambiente Windows para funcionar bem com o Ubuntu. Mesmo que você consiga instalá-lo de alguma forma, é provável que você tenha uma experiência muito ruim: ele irá travar e fazer coisas inesperadas constantemente. Se você ligar para o seu banco para obter suporte, eles culparão seu ambiente (e se você disser que está usando o Ubuntu, eles simplesmente dirão que ele não é suportado e deixarão de ajudá-lo).
As opções para instalar o Internet Explorer incluem o Wine (mas veja este relatório que mostra que a experiência é "lixo"), playonlinux (novamente, os relatórios mostram uma experiência muito ruim) ou essa coisa chamada ies4linux ( link ), que instala versões muito antigas do IE que também podem ser rejeitadas pelo seu banco .
Você provavelmente terá mais sorte se instalar o VirtualBox, criar uma máquina virtual e instalar o Windows com o IE nativo. Eu suponho que você já tenha uma cópia do Windows para instalar.