Eu não sei o que causa a lentidão em sua situação específica, mas você pode querer dar uma olhada no bootchart. Aqui está um artigo (primeiro hit em duckduckgo.com) link O Bootchart fornece uma representação gráfica da ordem de vários processos de inicialização, começando com a quantidade de CPU / (aguardando) disco que eles usam. É mais útil se você tiver instalado em um sistema limpo (como referência), mas definitivamente vale a pena tentar dar a você mais informações sobre o que está acontecendo durante a inicialização.