Use o Python! É conciso e incluído como parte da plataforma. Muitos aplicativos e ferramentas são escritos em Python. Você pode começar com este link . A vantagem disso é que você irá configurar no launchpad para distribuir para participar da comunidade e distribuir seu código. Você também pode ler esta pergunta: Desenvolvendo aplicativos compatíveis com Unity em Python - por onde começar?
Para APIs da GUI existem muitos. Confira freedesktop.org e leia sobre a diferença entre GTK, QT, KDE, Gnome e Unity Desktop. Os aplicativos GTK e QT são executados em qualquer distribuição do Linux com essas bibliotecas instaladas.