Basta renomear o arquivo para remover o último 3 :
sudo mv /etc/apt/sources.list.d/mongodb-org-3.0.list{3,}
isso removerá o último 3 do nome do arquivo /etc/apt/sources.list.d/mongodb-org-3.0.list3 .
Por outro lado, se você não quiser que o (s) repositório (s) desse arquivo seja incluído em apt , dê a ele uma extensão .bak :
sudo mv /etc/apt/sources.list.d/mongodb-org-3.0.list{3,.bak}