Um shell, neste contexto, é um aplicativo que você usa para iniciar aplicativos, alternar entre janelas, etc. No Windows, essa seria a barra de tarefas. No Ubuntu, o shell padrão é chamado de Unity e é o que você vê na sua área de trabalho quando você faz logon pela primeira vez. Ele tem um painel no topo que contém alguns indicadores, um iniciador à esquerda da tela e lentes que são usadas para encontrar arquivos, aplicativos e outras coisas. O Gnome Shell é outro shell que faz as mesmas coisas que o Unity, mas de uma maneira diferente. Temos muitas shells diferentes para escolher no Ubuntu, mas Unity e Gnome Shell são novas e mais "modernas" do que a maioria das outras shells, então elas são muito populares. Como eles são bem parecidos, as pessoas estão brigando sobre o que é melhor. É um pouco bobo, porque você pode ter os dois e escolher entre eles quando você faz o login. É como ter dois navegadores da web, exceto que você não pode usar os dois ao mesmo tempo.
O Gnome, por outro lado, é um ambiente de desktop. Tem muitas, muitas aplicações, como navegador de arquivos, player de vídeo, player de música, álbum de fotos, uma suíte de escritório chamada Gnome Office e um navegador chamado Epiphany. O Ubuntu é baseado principalmente no Gnome, mas substituiu alguns dos aplicativos Gnomes por aplicativos mais conhecidos. Por exemplo, o Ubuntu usa o Firefox em vez do Epiphany, o LibreOffice (antigo OpenOffice.org) em vez do Gnome Office e o Mozilla Thunderbird em vez do Evolution. O Ubuntu optou por não usar o shell do Gnomes, ao invés disso criou seu próprio Unity.
Algumas pessoas usam palavras muito strongs de aprovação ou desaprovação dos shells, bem como algumas pessoas odeiam Firefox e amam o Opera. É verdade que eles têm diferentes pontos strongs e fracos, mas ainda são apenas escolhas. Se você está curioso, instale e teste você mesmo. Se você está feliz com o que você tem, então você não precisa fazer nada.
Os shells são programas importantes porque definem como você interage com sua área de trabalho, mas ainda são apenas aplicativos.