Eu não tentei, mas deve funcionar.
Primeiro, saia de skype .
Você precisa copiar a pasta do Skype da sua conta no Windows ( C:\Users\%USERNAME%\AppData\Roaming\Skype no Windows7) para sua pasta Home no Linux ( /home/%USERNAME/ ).
Na sua pasta Home, pressione Ctrl+H no navegador de arquivos para ver arquivos e pastas ocultos. Você deve ver a pasta com o nome .Skype . Faça backup dele para que você possa restaurá-lo se algo der errado. Do que excluir esta pasta e renomear a pasta Skype para .Skype
Agora tente executar skype .