Você está livre para redefinir aliases quantas vezes quiser. Não há penalidade ou "perigo" para o sistema. Cada definição substitui a anterior. A única precaução é que você pode se confundir.
Exemplo
Vamos criar um alias D :
$ alias D=date
$ D
Mon Jan 8 18:57:57 PST 2018
Podemos usar alias para ver a definição de D :
$ alias D
alias D='date'
Agora, vamos redefinir D :
$ alias D=pwd
$ D
/tmp
$ alias D
alias D='pwd'
A nova definição simplesmente substituiu a antiga.
Seqüência de inicialização do Ubuntu
Quando você inicia um shell bash interativo de não-login no Ubuntu, o bash lê e executa comandos em /etc/bash.bashrc e, em seguida, lê e executa comandos em ~/.bashrc .
No Ubuntu (mas não no Debian), o arquivo ~/.bashrc padrão contém a definição:
alias ll='ls -alF'
Como /etc/bash.bashrc é executado antes de ~/.bashrc , qualquer definição de ll em /etc/bash.bashrc será substituída pela definição em ~/.bashrc .
Ao iniciar um shell de login ou um shell não interativo, as regras são diferentes. Veja man bash para detalhes.