Como diz a resposta para apagar o Ubuntu e reinstalar isso afetará as janelas e outras partições do Windows A opção Apagar Ubuntu e reinstalar na tela Tipo de instalação do instalador do Ubuntu irá apagar o Ubuntu e reinstale-o sobre as partições existentes do Ubuntu sem sobrescrever o Windows se o Windows estiver instalado ao lado do Ubuntu.
Isso foi relatado como um bug crítico no Ubuntu 13.10: Instalar / reinstalar apaga todas as outras partições e um fix para este bug foi lançado no lançamento do Ubuntu 14.04.2.