Nota: EVITANDO O DEBATE SOBRE ANTIVIRUS !!!
Nem todo malware é um "vírus". Para o seu caso de usuário, escaneando um dispositivo removível compartilhado, você pode escanear sua unidade flash a partir do Linux ou do Windows.
Do Ubuntu, veja - Como eu procuro vírus com o ClamAV? .
Esteja avisado, no entanto, em geral, os scanners antivírus do Windows são melhores se você ainda usa o Windows.
O antivírus do Linux tem dois "problemas" amplos:
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Positivos falsos - Você precisará ler e investigar a saída do clamav e de quaisquer arquivos "infectados" relatados. O Google pesquisa o arquivo reportado.
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Os antivírus do Linux podem colocar em quarentena os arquivos suspeitos, mas não há como remover o vírus do Linux além de excluir os arquivos.
mkdir /$USB/VIRUS clamscan -r --move=/$USB/VIRUS /$USB
Onde "$ USB" é o seu ponto de montagem (veja Por que O Ubuntu moveu os pontos de montagem padrão? )
Nota: A segurança do Linux é muito diferente da segurança do Windows e, em geral, os "vírus" são quase inexistentes no Linux.
A segurança do Ubuntu tem seus fundamentos em:
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Permissões de arquivo.
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Execução com uma conta limitada.
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ATUALIZAÇÕES - seu sistema foi corrigido há muito tempo para todos os vírus conhecidos do Linux. A atualização é um recurso essencial de segurança.
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Apparmor