Os aplicativos ainda funcionam porque não estão localizados na pasta /usr/share/applicatons . Essa é a pasta com os lançadores dos aplicativos.
Uma forma de recuperar a maior quantia é instalar o Ubuntu em um espaço temporário, como um Pen Drive, e copiar a pasta /usr/share/applications para sua instalação em funcionamento.
Depois disso, você terá todos os lançadores padrão. Você pode restaurar os lançadores dos que faltam, reinstalando os aplicativos específicos. Use este comando:
$ sudo apt install --reinstall [specific application]
Substitua [specific applications] NÃO incluindo o colchete com o nome do aplicativo que você deseja restaurar para o estado correto.
Depois de ter os aplicativos listados em um arquivo, você pode usar esse cli (ou uma variação de) para automatizar a instalação:
$ for i in $(cat applications.list); do sudo apt install --reinstall -y $i;done