Este é o comportamento padrão para arquivos de coluna única. A diferença é que a numeração padrão é para o número x = 0,1,2, ...
Aqui estão meus dados (no arquivo temp.dat)
12 43 65 76 12 56
Plotar com
gnuplot> plot "temp.dat" with linespoints title "Single column data"
ou similar.
Para deslocar o eixo x de forma que x = 1,2,3 ...
gnuplot> plot "temp.dat" using ($0+1):1 with linespoints title "Single column data"