Todos os DEs são capazes de alterar conjuntos de ícones que você pode baixar em seus respectivos menus "Aparência" ou "Aparência". Você também pode alterar manualmente cada um deles nas janelas de propriedades de arquivos clicando no ícone na página de propriedades e escolhendo qualquer ícone desejado.
Para alterar especificamente apenas o ícone da bandeja do sistema do Skype, veja a resposta aqui: Alterar o ícone da bandeja do Skype