Você tem que usar o terminal. Mude o diretório para o diretório em que você fez o download do arquivo netbeans6.9-ml-java-linux.sh .
cd /home/username/Downloads/
Em seguida, execute isso.
sudo chmod a+x netbeans6.9-ml-java-linux.sh
Ele permitirá o acesso de execução ao arquivo. Depois disso, você deve fazer isso para instalar.
sudo bash netbeans6.9-ml-java-linux.sh