Você deve ser capaz de renomear ~/.wine para ~/.wine.backup e depois executar o programa de configuração wine no menu ou na linha de comando ( winecfg ) e então um novo ~/.wine será regenerado e você ainda terá a antiga pasta wine e assim todos os seus arquivos permanecerão. Você pode então decidir como proceder.
Além disso, às vezes, o antigo WINEPREFIX pode ser corrigido redefinindo as substituições de dll, com winetricks alldlls=default , já que essas substituições muitas vezes podem causar problemas, como eu discuto nesta resposta .
Problemas com wine podem frequentemente ocorrer, e é por isso que eu sempre recomendo instalar novos jogos ou aplicativos em seus próprios WINEPREFIX, como eu discuto aqui: