Você não perderá suas configurações ou arquivos se reinstalar.
Basta instalar o pacote com o dpkg e ele irá atualizá-lo. Isso é tudo.
(Caso você seja realmente cauteloso, você pode fazer o backup da pasta .virtualbox na sua Página inicial.)
Mais informações sobre isso podem ser encontradas aqui .
- Pasta de máquinas padrão VMs $ HOME / VirtualBox
- Local da imagem de disco padrão Na pasta de cada máquina
- Extensão de arquivo de configurações da máquina .vbox
Deve haver uma outra pasta na sua Página inicial com as configurações globais.