Arquivos .TS são tecnicamente apenas arquivos MPEG2. Você pode usar praticamente qualquer conversor (avidemux, handbrake ou até ffmpeg diretamente).
Mas a única razão para isso seria o tamanho do arquivo. Arquivos Mpeg2 tocam praticamente em todos os lugares. A única parte confusa é a extensão real do arquivo.
Você pode renomeá-los com segurança e livremente para .mpeg
PS. Ao transformá-lo em Matroska, você acabou de fazer é muito difícil para as pessoas em outros sistemas serem capazes de reproduzir o arquivo. Eu entendo pegar um codec livre, e então escolher o container apropriado, mas se você o mantiver no MPEG2, por que mudar o container para algo relativamente obscuro?