Antes de limpar sua unidade, é sempre uma boa ideia fazer backup de seus dados pessoais em seu diretório pessoal .
Portanto, tenho certeza de que você já tem planos para isso. Caso suas imagens de disco virtual estejam armazenadas lá (geralmente no diretório oculto ~/.VirtualBox ), seus discos virtuais também serão incluídos no seu backup do diretório HOME e eles serão restaurados totalmente funcionais e intocados com seu backup mais tarde.
No entanto, a execução de uma atualização do Ubuntu de 32 bits para o Ubuntu de 64 bits pode ser feita sem excluir seus dados em sua tela inicial. Caso você mantenha seu HOME, você apenas reinstalará o aplicativo de caixa virtual na sua nova instalação do Ubuntu para manter intactas todas as suas máquinas virtuais (incluindo snapshots).
Dito isso, é claro que pode haver casos em que um backup de uma máquina virtual pode ser necessário (por exemplo, caso você queira criar um novo diretório inicial, você precisa alterar seu nome de usuário ou as máquinas virtuais são necessárias). não armazenado em HOME).
Você, então, tem a opção de exportar e importar suas máquinas no Open Virtualization Format (OVF) ou da GUI do gerenciador de caixas virtuais ou da linha de comando
VBoxManage export <nameofvm> -o <nameofmachine>.ovf
VBoxManage import <nameofvm>.ovf # use --dry-run first to check configurations
Devido a limitações do formato OVF, isso não salvará o estado atual ou os instantâneos de uma determinada máquina. Você pode clonar uma máquina virtual e registrá-la em uma nova instalação, mas isso pode ser mais trabalhoso do que realizar um backup convencional de ~/.Virtualbox e possíveis outros locais que você possa ter definido para armazenar os discos rígidos virtuais.
Recomendo a leitura do manual on-line do Virtual Box para ter uma ideia das opções, procedimentos e limitações.