Estes pacotes contêm arquivos que fazem parte do código fonte do kernel do Linux, disponível em /usr/src se você quiser dar uma olhada. Eles são apenas os arquivos makefiles e de cabeçalho (extensão de arquivo .h ), que definem a API pública do kernel, que é necessária para compilar programas que interagem diretamente com o kernel (dois exemplos que surgem nas pesquisas da Internet são drivers de dispositivo e software de virtualização).
Você tem duas versões porque uma é para o seu kernel atual e a outra é para um kernel antigo que você usou anteriormente. O Ubuntu por padrão é muito conservador com arquivos relacionados ao kernel e toma uma série de precauções para evitar removê-los quando eles ainda são necessários, e às vezes isso resulta em um acúmulo gradual de pacotes como novas versões instaladas.