Resolvi o problema ao reinstalar o navegador do cromo:
sudo apt-get purge chromium-browser
sudo apt-get install chromium-browser
Não sei porque, mas não perdi nenhuma das minhas configurações. Eu também não tive que fazer o login no google-sync para pegar meus bookmarks e outras coisas de volta, o que não deveria ser o caso com o apt-get purge, tanto quanto eu sei.
Além disso, o "problema" com o ícone do cookie ainda está lá. Eu acho que é um bug ou algo assim.
Pelo menos, ainda não tenho ideia do que causou o problema. Todos os meus plugins e extensões estão ativos novamente, o Jamendo ainda funciona.