O problema é que uma string incorreta é definida em dconf
key:
Valor original (de trabalho):
~$ gsettings get org.gnome.settings-daemon.plugins.media-keys volume-up
'XF86AudioRaiseVolume'
Depois de executar o "teclado de unidade de controle central" e definir o atalho para tecla de aumento de volume:
~$ gsettings get org.gnome.settings-daemon.plugins.media-keys volume-up
'AudioRaiseVolume'
O novo valor erra a parte "XF86" da string e não funciona.
Você pode recuperar a chave redefinindo o valor com:
~$ gsettings reset org.gnome.settings-daemon.plugins.media-keys volume-up
~$ gsettings reset org.gnome.settings-daemon.plugins.media-keys volume-down
O bug já foi reportado: link