O MATE foi bifurcado de propósito para ficar com o Gtk2, por razões de desempenho e manutenibilidade; uma área de trabalho com arranjos de painel semelhantes, mas usando o Gtk3 é o Cinnamon. Veja Por que o MATE foi criado nos fóruns do Linux Mint.
Ao executar aplicativos Gtk3 no MATE, você perceberá que eles são diferentes, a menos que você esteja usando um tema que suporte ambos Gtk2 e Gtk3, com uma aparência sensivelmente semelhante. Você terá que selecionar o tema em ambos os Preferences / Aspect applet para Gtk2 e gnome-tweak-tool para Gtk3.