O Ubuntu também possui pastas Desktop, Documentos, Imagens, Downloads, Vídeos e Música. Então você pode manter arquivos aleatórios lá.
Se forem scripts personalizados, binários executáveis personalizados, código-fonte do programa, é uma boa prática criar a pasta $HOME/bin
.
Se você deseja ter uma pasta compartilhada entre sua VM e o Windows, também é possível configurá-la. Consulte VirtualBox / SharedFolders para isso
Consultar Como adicionar um diretório ao meu caminho? se você quiser rodar scripts em sua pasta bin pessoal de qualquer lugar no sistema.