Não importa onde suas partições são. Você pode ter raiz em uma partição primária ou lógica. Você pode ter root, home e boot todos juntos em uma partição, ou micromanage todas as suas pastas para diferentes partições (você pode bater um limite interno para partições lógicas (~ 59?), E você só é permitido quatro primária ). Eu acho que você poderia até ter todas as suas partições rodando em um compartilhamento de arquivos em rede.
Eu sempre particionei a inicialização como minha primeira partição lógica, porque sei que só darei 100 mB. Então penso em fazer uma troca e geralmente decido contra ela. Em seguida eu decido quanto espaço vou desistir de root. Finalmente, dou para casa o resto do espaço. Se eu não for dual boot no Windows, o root estará em uma partição primária. Todo o resto recebe partições lógicas.
Veja o TLDP para mais informações: