Vou explicar o que aconteceu. Na versão do Bumblebee anterior à 3.0-2 ~ ... ppa1, a instalação do pacote bumblebee também instala bumblebee-nvidia , que por sua vez instala nvidia-current .
O pacote nvidia-current instala as bibliotecas de 64 bits e de 32 bits em um sistema de 64 bits. Essas bibliotecas OpenGL entram em conflito com a biblioteca do Mesa OpenGL, pacote libgl1-mesa-glx . (leia: quebra os recursos do OpenGL em sistemas onde o servidor X primário não usa o driver nvidia como um laptop Optimus)
O pacote bumblebee-nvidia tenta reparar isso configurando a biblioteca padrão do OpenGL para o Mesa para arquiteturas instaladas. Inicialmente, apenas libgl1-mesa-glx:amd64 está instalado. Portanto, a menos que libgl1-mesa-glx:i386 seja instalado antes, o OpenGL será corrompido para arquiteturas de 32 bits.
A solução é instalar primeiro libgl1-mesa-glx:i386 e depois instalar o Bumblebee. virtualgl-libs:i386 pode ser instalado a qualquer momento e também será instalado como bumblebee-nvidia em versões posteriores.