O Skype ofusca seu código de qualquer tentativa de desmontagem. O protocolo também não está documentado. O código criptografa tudo e faz com que terceiros e usuários saibam exatamente o que está fazendo.
As pessoas não gostam porque não têm como verificar o seu funcionamento. O Skype pode e foi dito para espionar seus usuários por seus governos.
Ekiga é muito aberto. Não funciona tão bem, mas é principalmente por causa de menos recursos sendo dedicados a ele. AFAIK você ainda pode usar criptografia com Ekiga.