No NX comercial, edite /usr/NX/etc/server.cfg, altere SSHDPort e reinicie o NX.
(Um pouco mais ... eu gosto de linkar o diretório NX etc.)
ln -s /usr/NX/etc /etc/nx
sudo vim /etc/nx/server.cfg
Altere o SSHDPort e salve.
/etc/init.d/nxserver restart