Isso suponho que seja após uma atualização de distribuição? Nesse caso, esta é a ação padrão, mas eles ainda estarão na guia "Outro software", mas marcados como desativados. Você obtém isso pelo menu de edição no Ubuntu Software Center e seleciona fontes de software. E verifique os PPAs que você deseja ativar.
Recarregue as fontes. O Ubuntu atualiza automaticamente a versão do ie. "maverick" para "natty". Se um PPA não tiver sido atualizado para a nova versão, você receberá erros quando recarregar as fontes. Para cada erro, volte e mude "natty" de volta para "maverick" (ou qualquer versão que você atualizou). Isso geralmente é seguro, pois os pacotes geralmente funcionam da versão do formulário para a versão. Recarregue as fontes novamente e os PPAs devem reaparecer. Você pode esperar algumas semanas e tentar novamente com a versão mais nova, caso o mantenedor do PPA atualize seu PPA.