Minha pesquisa indicou que todos os 3 deles estão em uso ativo. Eu passei pelos arquivos de manifesto do Ubuntu, UbuntuGnome e Kubuntu e pesquisei nos sites da SuSe e Redhat.
O Nepomuk é usado no KDE há vários anos e está em lançamentos futuros.
Zeigeist é usado no Unity e em versões recentes do Gnome e está nos próximos lançamentos.
O Tracker é usado no Gnome há vários anos e está em lançamentos futuros.