Não "desabilitar", mas "mascarar".
Observe que stop é /sbin/stop . Veja o seu $PATH ( echo $PATH | tr ":" "\n" ). Qualquer coisa chamada stop em um diretório no seu PATH que é anterior será executada em seu lugar. Se ~/bin for anterior, você poderá criar ~/bin/stop contendo:
#!/bin/bash
echo "To really run 'stop', type '/sbin/stop'"
exit 0
ou
Defina um alias no seu ~/.bashrc :
alias stop="echo \"To really run 'stop', type '/sbin/stop'\""