Normalmente, o processo de criação da pasta ~/Downloads/vmd-1.9.2/
deve ser:
-
./configure
-
make
-
sudo make install
Eu não estou familiarizado com vmd
para saber se é possível executar em seu sistema, mas essas são as etapas que segui na maioria das instalações a partir do código-fonte.
Espero que isso ajude.