Como disse @grrahammechanical no comentário acima, toda a sua música ainda deve estar no seu computador - provavelmente na sua pasta ~ / Music. No Banshee, acesse Tools > Rescan Music Library e o Banshee deverá reimportar automaticamente todas as músicas. Se isso não funcionar, você poderá reimportar manualmente indo até Media > Import Media e optar por importar toda a pasta Música.
Mas remover todas as suas músicas ao tentar remover uma delas é um problema muito estranho. Se você conseguir reproduzir o problema, tenho certeza de que os desenvolvedores do Banshee gostariam que ele fosse relatado aqui: link
Antes de tentar testá-lo (e, em geral, se estiver preocupado com problemas com sua biblioteca de músicas), talvez você queira fazer uma cópia de backup do seu banco de dados. O comando a seguir criará uma cópia do banco de dados do Banshee na mesma pasta que o banco de dados normal:
cp ~/.config/banshee-1/banshee.db ~/.config/banshee-1/banshee.db.backup