Você pode usar o Wine para executar aplicativos somente do Windows no Ubuntu.
O Wine suporta o MetaTrader e você poderá executá-lo bem. No entanto, você teria que usar a versão de desenvolvimento do vinho como MetaTrader4
requer vinho 1.5.4 e MetaTrader5
requer vinho 1.5.9. Veja este link que fornece mais informações sobre como executar o MetaTrader no Wine. A última versão do Wine Development é 1.5.20 e você deve instalar esta versão para maior compatibilidade.
Etapa 1 : adicione o Wine PPA às suas fontes de software:
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-wine/ppa
Etapa 2 : atualize suas fontes de software:
sudo apt-get update
Etapa 3 : instale a versão mais recente de desenvolvimento do Wine:
sudo apt-get install wine1.5
Passo 4 : Execute o arquivo de instalação executável *.exe
para a sua versão do MetaTrader para instalá-lo normalmente no Windows.