Você tem 3 ferramentas principais de configuração no Ubuntu Natty (além do Appearance). Um deles é pré-instalado, e dois deles você tem que se instalar usando o Synaptic, por exemplo.
São eles: Editor de configuração (tipo gconf), editor dconf (dconf-tools) e CompizConfig (compizconfig-settings-manager). Nem todas as opções em cada uma delas são suportadas no Natty. Além disso, quando você usa o CompizConfig, não use coisas como Cube, e mesmo para aqueles parâmetros que você ainda pode usar, alterá-los pode fazer com que o seu painel Natty desapareça - apenas faça logoff e faça o login.
Como eu sei, o recurso de salvamento automático não é suportado. A única coisa que você ainda pode usar o editor gconf é escolher os ícones na área de trabalho: apps > nautilus > desktop. É muito útil, já que você pode realmente desmarcar volumes_visible, se você não quiser que os HDDs conectados e o material apareçam na sua área de trabalho: no Natty eles aparecem no painel da esquerda de qualquer maneira (você pode mudar isso - veja abaixo). Você também pode definir a opacidade das legendas de sua janela: apps > gwd (certifique-se de que o Blur esteja ativado no CompizConfig).
Editor dconf: aqui você tem suas opções de área de trabalho do Unity. Ir para a unidade de trabalho > O fator de forma define se o inicializador (quando você pressiona o Win) será em tela cheia ou não (não é para laptops / desktops por padrão, e é tela cheia por padrão para telas de netbooks menores). Agora, em dispositivos desktop > unity > você define se deseja ver hdds, usbs e outras coisas conectadas no painel esquerdo. Você pode conferir outras opções também.
CompizConfig: você deve estar muito familiarizado com isso, mas agora nem todos os recursos são suportados.