Seu novo arquivo ~/.bashrc substituiu um padrão que foi copiado do diretório /etc/skel quando a conta de usuário foi criada. Entre muitas outras coisas, esse arquivo forneceu o prompt de cores e aliases para ls e grep .
Em vez de criar um novo ~/.bashrc , copie novamente o padrão e adicione suas definições de função para isso - ou crie um arquivo separado para as funções e fonte do original ~/.bashrc