"Soon" é um conceito estranho em algo com versões suportadas, como o Ubuntu.
16.04 é suportado em 2020, então apt-get
estará disponível como ferramenta principal pelo menos até então.
Como pura conjectura, ele pode ser relegado a um alias (ou algo assim) um dia , mas livrar-se dele poderia causar problemas significativos de script. Uma mudança completa do gerenciador de pacotes parece tão provável.
Então, neste momento, eu estaria perguntando a alguém dizendo "omg está obsoleto" para citar sua fonte. Ou explique o que eles querem dizer com reprovação.