Você acabou de usar o comando errado, o comando correto é: sudo apt-get update
Vamos testá-lo ...
$ sudo apt-get updates
E: Invalid operation updates
$ sudo apt-get update
Hit:1 http://archive.ubuntu.com/ubuntu yakkety InRelease
Hit:2 http://archive.ubuntu.com/ubuntu yakkety-updates InRelease
Hit:3 http://archive.ubuntu.com/ubuntu yakkety-backports InRelease
Hit:4 http://archive.ubuntu.com/ubuntu yakkety-security InRelease
Reading package lists... Done
Nota: Este é um exemplo da configuração no Ubuntu 16.10, os repositórios são diferentes no seu caso.