seu chmod alterou as permissões da cópia em ~/Downloads . Você precisa definir o bit executável na cópia em /usr/bin .
Além disso, o ./lein está tentando executar o arquivo em ~/Downloads .
Experimente nesta ordem:
sudo cp ~/Downloads/lein /usr/bin # note cp, not scp, there's no need to use scp
sudo chmod +x /usr/bin/lein
lein
Assumindo que lein é um arquivo executável válido, isso deve funcionar.