lscpu lista os seguintes
venki@venki-H8DCL:~$ lscpu
Architecture: x86_64
CPU op-mode(s): 32-bit, 64-bit
Byte Order: Little Endian
CPU(s): 12
On-line CPU(s) list: 0-11
Thread(s) per core: 2
Core(s) per socket: 3 <------ I have 6 cores
Socket(s): 2
NUMA node(s): 2
Vendor ID: AuthenticAMD
CPU family: 21
Model: 2
Model name: AMD Opteron(tm) Processor 4334
Stepping: 0
CPU MHz: 1400.000
CPU max MHz: 3100.0000
CPU min MHz: 1400.0000
BogoMIPS: 6199.90
Virtualization: AMD-V
L1d cache: 16K
L1i cache: 64K
L2 cache: 2048K
L3 cache: 6144K
NUMA node0 CPU(s): 0-5
NUMA node1 CPU(s): 6-11
As especificações da AMD indicam que a CPU tem seis núcleos e seis threads, mas você está vendo três núcleos com dois threads cada.
Combine isso com o que parece ser uma placa de dois soquetes e sua "contagem de CPU" total (quarta linha), e parece estar detectando todos eles, apenas não exibindo os totais da maneira esperada.
De acordo com a quarta linha você tem 12 CPU (s).
Talvez você esteja procurando essas informações:
cat /proc/cpuinfo