Assim como o trecho acima de man update-alternatives
diz:
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Modo automático:
As alterações serão feitas pelo sistema para as configurações do administrador desse sistema, se essa alteração garantir que a melhor opção ou a opção de configurações sempre serão usadas para esse (s) aplicativo (s).
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Modo manual:
As alterações não serão feitas pelo sistema para as configurações selecionadas pelo administrador do sistema. E assim a escolha do administrador do sistema será mantida e usada em todos os momentos.