Instale dconf-editor
, execute-o e vá para
org.gnome.desktop.notifications
aqui está uma string grande que tem todos os aplicativos que receberão a notificação do gnome. Se o aplicativo tiver suas próprias notificações, você poderá ativá-las no aplicativo e desativar a notificação do sistema.
Eu tive que entrar em /usr/share/gnome-shell/js/ui/components/autrunManager.js
e comentar a seguinte linha:
Main.messageTray.add(this);
Para mim, estava na linha 546, mas quem sabe como se move em outras versões do gnome (porque está constantemente mudando).
Se os métodos acima não funcionarem, experimente esta . mas não apague a linha como sugerido na resposta apenas comente (#).