O comando apt não se importa com o seu diretório de trabalho atual, assim como a maioria dos comandos padrão. Você pode invocá-los de qualquer lugar bem.
Se houver uma exceção, isso será documentado na página de manual desse comando específico. Você pode lê-lo digitando man COMMAND , por exemplo %código%. Por exemplo, o comando man apt procura arquivos abaixo do seu diretório de trabalho atual, por padrão, se você não especificar um local.