Precisa de ajuda para adicionar uma variável $ PATH

Question

Eu quero adicionar /data/biocs/b/bio425/bin à variável $PATH no arquivo .bash_profile (usando vi ou emacs ).

O que eu fiz até agora é

vi .bash_profile

e, em seguida, tentei adicionar /data/biocs/b/bio425/bin ao meu $PATH :

# .bash_profile

# Get the aliases and functions
if [ -f ~/.bashrc ]; then
        . ~/.bashrc
fi

# User specific environment and startup programs

PATH=$PATH:$HOME/bin:../../bio425/bp-utils
export PATH

PATH=$PATH:$HOME/bin:../../data/biocs/b/bio425/bin
export PATH

Eu salvei e, claro, obtive o arquivo. Em seguida, tentei executar o comando long-orf mystery_seq1 , mas recebi

long-orf: command not found

Estou fazendo algo errado com minha variável $PATH ?

    

Answer 1

Você não pode usar caminhos relativos em $PATH . Bem, você pode, mas toda vez que o sistema tentar procurar um comando, ele tentará resolver a entrada de caminho relativo lá com base em seu diretório de trabalho atual, que pode ser qualquer coisa.

Além disso, não duplique a entrada $HOME/bin .

Observe que normalmente você coloca seus caminhos personalizados na frente do padrão (ou seja, antes do antigo $PATH ), para que eles tenham prioridade mais alta. Eu não sei se é intenção que você os coloque por último.

Você não precisa reexportar a variável, esta já está exportada (embora não atrapalhe).

Então tudo que você precisa é mudar a segunda metade do seu arquivo para isso:

# User specific environment and startup programs

PATH="$HOME/bin:/data/biocs/b/bio425/bin:$PATH"