Se você confiar no provedor, não há problema em instalar a partir do PPA. A vantagem de obter software do PPA é que você obtém atualizações automáticas, o que não acontece se você instalar a partir de um pacote Debian (.deb).
Sobre a segurança, não há muita diferença entre um método e outro. Se você instalar um pacote X através do PPA usando apt-get
, o que acontece é basicamente o download de seu .deb e sua instalação com dpkg
.
Portanto, no geral, é melhor usar o PPA em vez da instalação manual, devido a atualizações automáticas.