Você terá que fazer algumas edições manuais usando o nano ou o editor de sua escolha:
sudo nano /etc/default/ntpdate
e altere o NTPSERVERS="ntp.[your-server-here]"
Se você reiniciar o computador, essa alteração será ativada. Se você está se sentindo impaciente e não quer esperar que o servidor atualize automaticamente, você pode fazer isso manualmente:
sudo ntpdate-debian
Não consigo ver uma opção de interface gráfica para isso, mas posso estar errado.