man bash :
Como consequência, na sua definição $(pwd) é expandido quando o alias é definido, não quando é executado. Use aspas simples ao redor do lado direito da definição do alias.
Por outro lado, como Bharadwaj Raju observa, o diretório de trabalho atual é sempre . , então nautilus "$(pwd)" é o mesmo que nautilus . . E você provavelmente quer duplicar aspas em torno de $(pwd) .